Este strabatuta de un râu subteran lung de 2022m, format din unirea pârâurilor Valea Poienii, Valea Ponorului si Valea Seaca, care la iesirea din pestera se numeste Valea Morilor.
Râul subteran a format o serie de cascade ce apar în special la cele doua capete ale pesterii, la baza carora s-au format marmite de eroziune cu adâncimi de pâna la 3-4m, în care apa formeaza lacuri subterane.
In zona centrala a pesterii, râul subteran are un curs cu o cadere mai uniforma, fiind prezente doar mici repezisuri.